Absentéisme et IJSS : quel impact sur les indemnités journalières ?
Au premier semestre 2025, le taux d'absentéisme dans le secteur privé atteint 5,9 %, en progression de 7 % par rapport à 2024 et de 12 % par rapport à 2023, selon le baromètre Verlingue. Ces données confirment une tendance structurelle que les directions RH, les services de paie et les équipes financières observent au quotidien : l'absentéisme n'est plus un phénomène ponctuel à gérer au cas par cas, mais une réalité durable qui s'impose à l'ensemble des organisations.
La généralisation progressive de l’absentéisme
Les indicateurs publiés en 2025 convergent : l'absentéisme progresse de 34 % depuis 2019 et ne montre aucun signe de stabilisation. La durée moyenne par arrêt atteint désormais 24,1 jours, contre 19 jours en 2019, traduisant un allongement significatif des absences. Parallèlement, les arrêts de très courte durée progressent de 18 % depuis 2022, portés en partie par la généralisation de la téléconsultation et la facilitation des prescriptions à distance. Ce phénomène ne se limite plus aux profils traditionnellement exposés. Parmi les jeunes salariés (18-34 ans), 47 % ont été concernés par au moins un arrêt de travail au cours de l’année. Les managers, longtemps épargnés, voient cette proportion atteindre 53 %, soit une progression de 8 points sur un an. En parallèle, les secteurs à forte pénibilité physique restent les plus impactés en termes de volume d’absences. Le taux d’absentéisme, soit la part des jours d’absence rapportée aux jours effectivement travaillés, atteint 8,5 % dans la santé, 8 % dans la restauration et l’hébergement, et 6,8 % dans le transport. Cette dynamique traduit une complexification accrue de l’absentéisme, qui touche désormais l’ensemble des profils et secteurs d’activité.
Arrêts courts, longs, temps partiel thérapeutique : des logiques de gestion différenciées
L'absentéisme est souvent traité comme une donnée homogène, alors qu'il recouvre des situations dont les implications opérationnelles n'ont rien en commun. Un arrêt maladie ordinaire, un accident du travail ou un temps partiel thérapeutique ne déclenchent pas les mêmes circuits CPAM, ne génèrent pas les mêmes taux d'IJSS et n'imposent pas les mêmes obligations de maintien de salaire. Les arrêts de courte durée (inférieurs à huit jours) génèrent une charge administrative réelle pour les services paie et RH. Mais en raison du délai de carence de trois jours appliqué par la Caisse primaire d'assurance maladie, les premiers jours d’absence ne donnent lieu à aucune indemnisation par la Sécurité sociale. L’employeur doit pourtant traiter l’arrêt (déclaration, gestion en paie, maintien éventuel du salaire), ce qui crée un coût de gestion significatif, souvent disproportionné au regard des indemnités éventuellement perçues. À l’inverse, les arrêts de longue durée exigent un suivi continu des versements, un rapprochement régulier avec la CPAM et une gestion rigoureuse de la subrogation. Toutefois, la charge administrative se répartit sur la durée et bénéficie d’indemnisations régulières, ce qui rend leur traitement globalement plus prévisible et financièrement moins contraignant pour l’entreprise. Le temps partiel thérapeutique représente quant à lui la configuration la plus complexe puisque le salarié perçoit simultanément un salaire réduit et des IJSS calculées sur sa perte de gain. Ce dispositif impose une coordination étroite entre RH, médecine du travail et paie pour produire un bulletin exact. Elle représente également l’une des situations les plus exposées aux erreurs de traitement.
Les coûts directs de l’absentéisme
L'absentéisme représente plus de 120 milliards d'euros par an pour les entreprises françaises. Si ce chiffre est régulièrement cité, il masque la réalité de ce que chaque arrêt coûte concrètement à l'échelle d'une organisation. Le premier poste de coût direct, c'est le maintien de salaire. Selon les conventions collectives applicables, l'employeur peut être tenu de compenser intégralement la perte de revenus du salarié dès le premier jour d'arrêt, bien au-delà de ce que verse la CPAM. Sur des arrêts longs ou répétés, cette obligation représente une charge significative, d'autant plus lourde si les effectifs concernés occupent des postes à forte rémunération. Vient ensuite la gestion des indemnités journalières versées par la Sécurité sociale. L’écart entre les IJSS perçues et les sommes réellement dues au salarié au titre du maintien de salaire génère des flux financiers complexes à identifier, imputer et réconcilier à chaque cycle de paie. Dans les entreprises pratiquant la subrogation, cette complexité s’accompagne d’un enjeu de trésorerie : l’employeur avance les indemnités au salarié, puis attend le remboursement de la CPAM. Ce décalage, qui peut s’étendre sur plusieurs semaines, expose l’entreprise à des écarts de trésorerie significatifs. Sans suivi rigoureux des flux entrants et sortants, les risques sont multiples : erreurs d’imputation en paie, trop-versés difficiles à récupérer, écarts comptables entre les montants attendus et ceux effectivement remboursés
Centralisation des IJSS : la solution pour un pilotage efficace de l'absentéisme
Chaque arrêt de travail déclenche ainsi une chaîne de traitements administratifs : déclaration à la CPAM, suivi des versements d'indemnités journalières, intégration sur le bulletin de paie, rapprochement comptable, gestion de la subrogation le cas échéant. À mesure que le volume d'arrêts augmente, cette charge s'alourdit mécaniquement.
Disposer d'une vision centralisée et fiable des flux IJSS devient alors un levier opérationnel déterminant. Spayr automatise le suivi des indemnités journalières, le rapprochement comptable et les interactions avec la CPAM, pour restituer aux équipes RH, paie et finance la visibilité nécessaire à un pilotage efficace de l'absentéisme.