Réforme des arrêts maladie 2026 : ce qui change pour les entreprises

À compter du 1er septembre 2026, la durée des arrêts de travail prescrits en France sera désormais plafonnée, une mesure inscrite dans la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026. Pour les équipes RH et paie, cette réforme n'est pas une évolution anodine : elle modifie en profondeur le rythme des absences, la fréquence des renouvellements et, par ricochet, la charge administrative liée à la gestion des IJSS.

Ce qui change concrètement à partir du 1er septembre 2026

Selon le projet de décret en cours d'examen, la durée maximale d'un premier arrêt maladie sera limitée à 31 jours. En cas de renouvellement, cette durée sera portée à 62 jours. Ces plafonds pourront toutefois être dépassés lorsque la situation du patient le justifie, notamment en cas de pathologie particulière ou conformément aux recommandations des autorités médicales compétentes, à condition que la dérogation soit motivée explicitement sur la prescription.

Par ailleurs, les prescripteurs devront désormais renseigner par écrit les motifs de l'arrêt sur la prescription, à des fins de contrôle par l'Assurance maladie. Jusqu'à présent, aucune obligation de ce type n'existait : un arrêt pouvait être prescrit sans que le motif médical soit formellement justifié sur le document. Cette nouvelle exigence place les prescripteurs dans une logique de justification documentée de leurs décisions, ce qui devrait permettre à l'Assurance maladie de cibler plus précisément les prescriptions qui s'écartent significativement des pratiques habituelles et d'engager des contrôles en conséquence.. Ces mesures concernent tous les professionnels autorisés à prescrire un arrêt de travail, à savoir les médecins, les chirurgiens-dentistes et les sages-femmes.

Le contexte de cette réforme

Quelques chiffres :

• Entre 2019 et 2024, le nombre d'arrêts de travail indemnisés a augmenté de 10 %, pour atteindre 9,1 millions.
•  En 2025, les dépenses d'indemnités journalières versées par l'Assurance maladie s'élèvent à 17,9 milliards d'euros, soit 7 milliards de plus qu'en 2016.
•  Les arrêts les plus longs concentrent une part disproportionnée de ces coûts : ils représentent à eux seuls 45 % de la dépense totale, alors qu'ils ne concernent que 7 % des arrêts.

L'Assurance maladie observe par ailleurs que les durées de prescription dépassent fréquemment les durées indicatives établies par pathologie par les autorités médicales compétentes. Ce constat a conduit le gouvernement à mieux encadrer les prescriptions initiales longues et à imposer un suivi médical plus régulier, en particulier pour les arrêts qui se prolongent sur plusieurs semaines sans réévaluation de l'état du patient.

Les implications à venir pour les services RH et paie

La réforme aura des effets directs sur la gestion quotidienne des arrêts en entreprise. Le premier impact est une multiplication des renouvellements. Là où un arrêt pouvait jusqu'ici être prescrit pour plusieurs mois d'emblée, il devra désormais faire l'objet de prolongations successives, chacune plafonnée à deux mois. Pour les équipes paie, cela signifie davantage de signalements à traiter, davantage de dossiers à mettre à jour, et une fréquence de suivi plus élevée sur chaque cas.

Le deuxième impact concerne la gestion des prolongations. Chaque renouvellement doit être déclaré via la DSN, c'est-à-dire la Déclaration Sociale Nominative, le dispositif obligatoire par lequel l'employeur transmet mensuellement les informations de paie et les événements salariaux à l'Assurance maladie. En cas de prolongation d'arrêt, cette déclaration doit intervenir dans un délai de 5 jours à compter du début de la prolongation, et être correctement rattachée à l'arrêt initial pour garantir la continuité du remboursement IJSS. Une prolongation mal déclarée ou non transmise dans ce délai peut bloquer le versement de la CPAM, sans que l'employeur en soit alerté automatiquement. Dans un contexte où le nombre de prolongations va mécaniquement augmenter, le risque de dossiers en attente ou en anomalie s'accroîtra dans les mêmes proportions.

Le troisième impact touche la prévoyance. Face à la multiplication des renouvellements d'arrêts courts, certains contrats de prévoyance collective devront être réévalués avec l'organisme de prévoyance pour vérifier que les conditions de déclenchement des garanties s'appliquent bien à des arrêts fractionnés en plusieurs périodes successives, et identifier les éventuels écarts de couverture que cette nouvelle mécanique pourrait générer.

Les modalités de la réforme en attente de précision

La publication du décret d'application est prévue en juillet 2026, pour une entrée en vigueur le 1er septembre 2026. Jusqu'à cette date, les règles actuelles de prescription s'appliquent, sans plafond de durée ni obligation de motivation écrite du motif d'arrêt. Certaines modalités pratiques restent donc à confirmer, notamment les conditions précises de dérogation et les obligations déclaratives des prescripteurs.

La loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 prévoit également une évolution significative pour les accidents du travail et les maladies professionnelles : une durée d'indemnisation maximale des arrêts sera fixée par décret, dont la publication est attendue en octobre 2026. Cette mesure s'appliquera aux sinistres survenus à compter du 1er janvier 2027. Jusqu'à présent, aucun plafond ne venait encadrer la durée d'indemnisation dans ces situations.

Comment sécuriser la gestion de vos IJSS face à cette réforme ?

Dans un contexte où le volume de dossiers va augmenter et où la fréquence des déclarations DSN va s'intensifier, la qualité du suivi des IJSS devient un enjeu encore plus critique qu'aujourd'hui. Un dossier mal suivi, un signalement manqué ou une prolongation non déclarée dans les temps se traduira directement par un remboursement bloqué, voire par une créance prescrite.

Spayr permet précisément de faire face à cette montée en charge : la solution détecte automatiquement les dossiers en attente de remboursement, alerte sur les prolongations non rapprochées d'un versement CPAM, et priorise les encours selon les montants et les délais, pour que chaque renouvellement déclaré aboutisse bien à un remboursement effectif.

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