IJSS brutes vs IJSS nettes : quels impacts concrets pour votre service paie ?

Lorsqu'un salarié est en arrêt de travail, la CPAM verse des indemnités journalières pour compenser la perte de salaire. Ces indemnités existent sous deux formes : brutes et nettes. Une distinction technique qui a des conséquences concrètes sur le bulletin de paie, sur la comptabilité et sur le risque d'erreurs.

IJSS brute : comment l'Assurance Maladie calcule les indemnités

L'IJSS brute est le montant calculé par l'Assurance Maladie à partir du salaire journalier de référence du salarié, soit la moyenne des salaires bruts des trois derniers mois, plafonnée à 1,4 fois le SMIC mensuel (2 552,24 € en 2026). L'indemnité correspond à 50 % de ce salaire journalier de référence, avec un plafond fixé à 41,95 € par jour. C'est ce montant brut que la CPAM transmet à l'employeur via le BPIJ dans le cadre de la subrogation. Pourtant, ce n'est pas le montant que le salarié perçoit réellement : la CSG et la CRDS viennent encore s'y appliquer avant tout versement. Et ce n'est pas non plus systématiquement celui à soustraire du salaire maintenu, car lorsqu'une convention collective prévoit un maintien de salaire net, c'est l'IJSS nette qui sert de base au calcul de la garantie. Autrement dit, le montant brut transmis par la CPAM est un point de départ, pas une donnée directement exploitable telle quelle en paie.

IJSS nette : le montant réel après prélèvements obligatoires

Les IJSS échappent aux cotisations sociales ordinaires, mais elles restent soumises à la CSG (6,2 %) et à la CRDS (0,5 %), prélevées directement par la Sécurité sociale avant tout versement. En pratique, on applique un coefficient de 0,933 pour passer du brut au net : une IJSS brute de 40 € devient ainsi une IJSS nette de 37,32 €. C'est ce montant net qui doit être réintégré sur la fiche de paie en cas de subrogation. Ces 6,7 % d'écart peuvent sembler négligeables à l'échelle d'une seule indemnité. Ils le sont beaucoup moins quand l'absentéisme monte, que les arrêts s'accumulent et que chaque centime doit être réconcilié entre les flux CPAM, la paie et la comptabilité.

Les risques liés à la confusion entre IJSS brutes et nettes

La mécanique semble simple sur le papier. En pratique, elle est source d'un nombre important d'erreurs de traitement, pour une raison précise : en cas de subrogation, les IJSS brutes sont déduites du salaire brut du salarié, tandis que les IJSS nettes sont réintégrées après déduction des prélèvements. Si les deux montants sont confondus ou mal distingués dans le logiciel de paie, le salarié peut se retrouver sur rémunéré ou sous-rémunéré.

Le problème est encore plus marqué lorsqu'une convention collective prévoit un maintien de salaire net. Dans ce cas, le gestionnaire de paie doit calculer ce qu'on appelle la garantie du net, un montant supplémentaire à déduire du salaire brut pour neutraliser le gain que le salarié réaliserait, en raison du taux de prélèvement plus faible sur les IJSS que sur le salaire ordinaire. Mal calculée, cette garantie génère des trop-versés difficiles à récupérer.

L'impact sur le rapprochement comptable

L’écart entre le montant brut et le montant net a également un impact pour les équipes comptables. L'employeur perçoit les IJSS brutes de la CPAM, mais ne reverse au salarié que les IJSS nettes. L'écart entre les deux — le montant de CSG/CRDS — doit être correctement tracé dans les écritures comptables. Lorsque des arrêts se multiplient, que les montants s'accumulent et que les versements arrivent de façon fractionnée, ce suivi devient rapidement ingérable. Sans centralisation de ces données, il devient impossible de savoir avec certitude quelles sommes ont été reçues, à quelle date et pour quel arrêt précis.

Comment optimiser vos processus quotidiens grâce à la maîtrise des IJSS brut/net

Maîtriser la distinction entre IJSS brute et IJSS nette, c'est poser les bases d'une gestion saine des arrêts de travail. Cela suppose de disposer, pour chaque arrêt, du montant brut transmis par la CPAM, du montant net effectivement à réintégrer en paie, et de la traçabilité de chaque versement reçu.

C'est précisément ce que Spayr centralise : les flux CPAM, le calcul automatique des IJSS nettes à partir des montants bruts, et le rapprochement avec les données de paie. Résultat : moins d'erreurs, moins de temps passé à chercher les écarts, et une visibilité complète pour vos équipes RH, paie et comptabilité.

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